El Seminario Andino San Pablo es un proyecto de educación teológica que nació a mediados de 1997 promovido por el Centro Ecuménico de Promoción y Acción Social-CEDEPAS. En sus inicios ofreció el programa de estudios Bachillerato en Teología en Huancayo; sin embargo, al año siguiente se dio inicio al programa Diploma que ofrecía una alternativa de estudios descentralizada y básica.

Esta experiencia de capacitación a dos niveles, Bachillerato y Diploma, se fortaleció con el transcurso de los años. El Bachillerato funcionó en Huancayo con una dinámica de exigencia y rigurosidad académica; mientras que el Diploma tuvo demanda en distintos lugares de la región sierra y selva central peruana como experiencia de una pedagogía renovada para responder a las necesidades de las comunidades de la zona.

Con el crecimiento del proyecto, también fue necesaria la interrelación con Instituciones para el fortalecimiento de los programas. De esta manera, en octubre del año 2000 se celebró el primer convenio del Seminario; éste se dio en San José, Costa Rica con el Instituto Bíblico Pastoral (IBP) de la Universidad Bíblica Latinoamericana. El mismo contribuyó a fortalecer la labor en el nivel Diploma a través de la capacitación de los facilitadores y la implementación de material adecuado para el desarrollo de los cursos.

Desde el año 2007 el Seminario ha funcionado como un Recinto Universitario en convenio con la Universidad Bíblica Latinoamericana. Además, es parte de la hermandad de instituciones agrupadas en relación a esta universidad. Con esta experiencia el Seminario puede ofrecer los programas de estudio teológicos A NIVEL UNIVERSITARIO. A partir del año 2009 se ha formalizado dicho convenio que le permite operar con la dinámica propia de un centro que ofrece estudios de nivel universitario abierto para todas las iglesias cristianas que desean capacitar a sus líderes, varones y mujeres, en Teología, Biblia y Pastoral.